Департамент в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации, нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, актами Министерства природных ресурсов Российской Федерации и Федерального агентства по недропользованию, а также настоящим Положением. Департамент осуществляет свою деятельность во взаимодействии с тер­риториальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами государственной власти субъектов Российской Федерации, входящих в состав Дальневосточного федерального округа, полномочным представителем Прези­дента Российской Федерации в Дальневосточном федеральном округе, органами местного самоуправления, общественными объединениями, иными организа­циями.

Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами, обеспечения плодородия почв, обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна, земельных отношений (в части, касающейся земель сельскохозяйственного назначения), функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных.